Es el principal archivo en la configuración de MapServer.
Es un archivo de texto (recomiendo editarlo con el Notepad++), con extensión “.map”.
En el se incluye una serie de parámetros que definen: las capas disponibles en el servicio en el mapa interactivo, el estilo con que se mostrarán esas capas, su simbología, el formato en que se generarán las imágenes, el sistema de referencia, tamaño de las imágenes, etc.

El archivo .map consta de varias secciones. Cada sección se inicia con el nombre de la sección y
termina con la palabra END. El contenido de las secciones consiste en la definición de determinados parámetros del tipo atributo - valor.

Un ejemplo:
# Comienzo del map file
MAP
NAME larioja
STATUS ON
SIZE 400 350
EXTENT 491642.468 4641614.499 609026.000 4720900.999
UNITS METERS
SHAPEPATH "data"
IMAGECOLOR 255 255 255
FONTSET "./font/fonts.txt"
IMAGETYPE png
# Definición de la proyección
PROJECTION
"init=epsg:23030"
END
# comienzo de la interfase web
WEB
HEADER templates/header.html
TEMPLATE "larioja_dhtml.html"
FOOTER templates/footer.html
...
END # fin sección web
...
END # fin del archivo .MAP
..................

En este sitio no voy a abordar el tema de la escritura de archivos .map, dado que es un tema que requiere un estudio más minucioso. De todas maneras, puedes utilizar el Gix Export y el mxd2wms que generan archivos .map a partir de shapefiles.
Para escribir nuestros propios .map, te recomiendo un buen tutorial (en castellano), en el sitio de la Universidad Politecnica de Madrid.
Ver el tutorial sobre archivos .map